各自核算绝对不能抵扣他人进项税额，网上申报也没有这功能程序。

增值税发票名称也是总公司，当然总公司可以抵扣。但货物在分公司，总公司会计肯定带来麻烦要操作。

发票开的是总公司名称必须在总公司抵扣。不可以在分公司抵扣。

不管实际费用谁出，专用发票的名称开的是总公司，只有在总公司抵扣。

政策依据：

《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》(国税发[1995]192号)规定，纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。

根据上述规定，分公司的该内部往来仅是针对总公司。分公司取得的总公司开具的进项税发票可以抵扣。