《国家税务总局关于印发<税务机关代开增值税专用发票管理办法(试行)>的通知》(国税发[2004]153号)第十二条规定，代开专用发票遇有填写错误、销货退回或销售折让等情形的，按照专用发票有关规定处理。

税务机关代开专用发票时填写有误的，应及时在防伪税控代开票系统中作废，重新开具。代开专用发票后发生退票的，税务机关应按照增值税一般纳税人作废或开具负数专用发票的有关规定进行处理。对需要重新开票的，税务机关应同时进行新开票税额与原开票税额的清算，多退少补;对无需重新开票的，按有关规定退还增值税纳税人已缴的税款或抵顶下期正常申报税款。

案例：

甲公司是一家小规模纳税人，上个月销售一批货物，由税务机关代开了一份专用发票，本月该批货物被退回，怎么办?

案例分析

由销售方到税务机关办理，对于重新开票的，应同时进行新开票税额与原开票税额的清算，多退少补;对无需重新开票的，退还其已征的税款。

根据《国家税务总局关于取消小规模企业销售货物或应税劳务由税务所代开增值税专用发票审批后有关问题的通知》(国税函【2004】895号)文件的规定，主管税务机关为小规模纳税人代开专用发票后，发生退票的，可比照增值税一般纳税人开具专用发票后作废或开具红字发票的有关规定处理。

开具销售发票后对方抵扣认证后又发生退货怎么处理?

购买方必须取得当地主管税务机关开具的进货退出或索取折让证明单，递交销售方，作为销售方开具红字(负数)专用发票的合法依据。销售方在未收到证明单以前，不得开具红字(负数)专用发票;收到证据单后，根据退回货物的数量、价款或折让金额向购买方开具红字(负数)专用发票。