1、会计核算对象不同。

税收会计的核算对象是一级税务机关管辖范围内的税收资金及其运动，即从税金的应征到入库、提退的。而税务部门发生的税收资金以外的资金运动则不是税收会计的核算对象，而是行政单位预算会计的核算对象。因此，在税务部门发生的各项资金的收支活动中，必须严格区分哪些是税收资金，哪些是非税收资金，在此基础上分别用不同的会计来核算。由于两者会计对(内容)的不同，导致其会计要素也各不相同。税收会计的会计要素只分为税收资金来源和税收资金占用两大类;而行政单位会计的会计要素分为资产、负债、净资产、收入、支出五类。

2、会计核算所依据的制度基础不同。

在具体处理业务时，税收会计要以《税收会计制度》作为其规范性的要求进行会计确认、计量、记录和报告;而行政单位预算会计要以《行政单位会计制度》以及相关的其他制度为依据。

3、会计确认基础不同。

税收会计适应其核算需要，分别在税收资金运动的不同阶段采用权责发生制和收付实现制——分段联合制为会计确认基础。而行政单位会计，目前主要采用收付实现制作为会计确认基础。

4、会计主体不同。

税收会计的会计主体是直接负责税款征收和入库业务的税务机关。不直接负责税款征收和入库的税务机关，如税务总局、省税务局、地(市)税务局等虽然也是税务机关，但不是税收会计主体。而税务部门预算会计主体则是指税务系统的各级行政机关单位，凡是由预算拨款，并独立核算的，包括、省、地(市)等各级税务机关在内的税务行政部门。