JavaEE是指Java Enterprise Edition，Java企业版，多用于企业级开发，包括web开发等等。也叫J2EE。

JavaSE通常是指Java Standard Edition，Java标准版，就是一般Java程序的开发就可以(如桌面程序)，可以看作是JavaEE的子集。

Java是一问语言，J2EE是Java语言的一门使用技术，Java为J2EE提供了库和语法，J2EE使用Java的库和语法应用在WEB上。这是概念性的区别。

更详细的解释：

Java平台有三个版本，这使软件开发人员、服务提供商和设备生产商可以针对特定的市场进行开发：

一、Java SE(Java Platform，Standard Edition)。Java SE以前称为J2SE。它允许开发和部署在桌面、服务器、嵌入式环境和实时环境中使用的Java应用程序。Java SE包含了支持Java Web服务开发的类，并为Java Platform，Enterprise Edition(Java EE)提供基础。

二、Java EE(Java Platform，Enterprise Edition)。这个版本以前称为J2EE。企业版本帮助开发和部署可移植、健壮、可伸缩且安全的服务器端Java应用程序。Java EE是在Java SE的基础上构建的，它提供Web服务、组件模型、管理和通信API，可以用来实现企业级的面向服务体系结构(service-oriented architecture，SOA)和Web 2.0应用程序。